Le plus exceptionnel de ce monastère est le cloître actuel, conçu par Juan de Badajoz el Mozo en 1537 et qui fut achevé en 1604 avec la participation d’artistes importants qui ont soulevé les murs et sculpté de profondes ornementations, composées de personnages à la fois anciens prophètes, patriarches , juges, prêtres, héroïnes, les apôtres du Nouveau Testament, les évangélistes, les Pères de l’Église, rois, reines, empereurs et impératrices- ou religieuse -pontifes, des cardinaux, des médecins, des moines et des saints. Il a deux hauteurs, le cloître inférieur s’articule autour de cinq arches ayant des contreforts épais tandis que le cloitre supérieur s’affiche avec des arcs de moyen point. Le cloître est relié à l’église par une couverture en arc entre colonnes. Le temple, du XVIIe siècle, n’est composé que d’une seule nef couverte de voûtes en berceau et de la coupole sur la croix. Les chœurs se situent au pied de l’église et disposent de sièges et d’un orgue baroque. La façade a été réalisée par Felipe Berrojo et dispose de deux murs avec des images de saints. Le monastère possède aussi une autre cloître, plus modeste et néoclassique.